Sequence alignment of the Alphavirus structural proteins

CLUSTAL W (1.74)

0     	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	MNRGFFN   MLGRRPFPAPT      AMWRPR      RRRQAAPMPAR   NGLASQI	C
OCK	-------   -----------      ------      -----------   -------
AR8	-------   -----------      ------      -----------   -------
GIR	-------   -----------      ------      -----------   -------
YN8	-------   -----------      ------      -----------   -------
XJ1	-------   -----------      S-----      -----------   -------
AUR	--SV-Y-   PF--GAYAQ-P      IA---        --R---A-RP   S--TT--
SFV	--YIPTQT  FY---WR-R-A     ARP-PL       QATPV--VVP    DFQ-Q-M
BFV	-DFIPTQT  FY---WR---V      QRYI-         QPQP-A-P-R  RRGP--L
ONN	-EFIPAQT  YYN--YQ-R-         -TQ-P     TIQVIR-K-R-   RRP-G-L
IGB	-EFIPAQT  YYN--YQ-R-         -TQ-P     TIQVIR-K-R-   RRP-G-L
SG6	-EFIPAQT  YYN--YQ-R-         -TQ-P     TIQVIR-K-R-   SRP-G-L
RRV	--YIPTQT  FY---WR-R-A     FRP-QVPMQP   TPTMVT--LQAP  DLQ-Q-M
SAG	--YIPTQT  FY---WR-R-A     FRP--VPMQP   APPMVI-ELQTP  IVQ-Q-M
VEE	  MFP-QP  -YPMQ-M-YRN       PFAAP       --PWF-RTDP    F--M-V
EEE	-FPYPTL   NYPPMAPIN-M       AY-DPNP    P--RWR-FRPP     --A--
SPD	-FPMQ-TNSAYRQME-MF--GSRGQ VQPY---      TK-RQE-QVGNAAITA--N-M
SDV	-FPMQ-TNSAYRQME-MF--ASRGQ VQPY---      TK-RQE-QVGNAAIAA--N-M
   	                             :               *          . *:

60 	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	QQLTTAVSALVIGQ  ATRPQPPR   PRPPPRQK       KQAPKQPPKPKKPKTQEK	C
OCK	--------------  -----N--   --------       --------------P---
AR8	--------------  -----T--   --------       ------------------
GIR	--------------  -----T--   --------       ------------------
YN8	--------------  -----T--   --------       ------------------
XJ1	--------------  -A---Q--   --------       --P---L---------D-
AUR	----R--R---LDN  ---R-R-A   --TR--KPK      T-K--PKKQNQ--PQ-Q-
SFV	---IS--N--TMR-N -IA-AR-    -K-KKKKTT      -PK--TQ--KING---QQ
BFV	---VA-LG--ALQP    KQKQK-   AQKK-KKTP      PPK--KTQ----- --K-
ONN	A--IS---R-ALRT    V--K--R  T-KIKK--Q      VKQEQ-STTNQ-K-APKQ
IGB	A--IS---R-ALRT    V--K--R  T-KIKK--Q      VKQEQ-STRNQ-K-APKQ
SG6	A--IS---R-ALRT    V--K--R  T-KTKK--Q      VKQEQ-STRNQ-K-APKQ
RRV	---IS-----TTK-N VKA-KGQ-   KQKQQKP-       EKKE--KK--TXK-K-QQ
SAG	---IS-----TTK-N GKA-KK-K    KK-QKA-A      -KNEQ-KKNEN-KPPPKQ
VEE	-E--RSMAN-TFK-RRDAP-EG-SAKK-KKEAS--QKGGGQG-KKKN-GK-KA-TGPPNP
EEE	ED-RRSIAN-TLK-R   A-N--    AG--AKR-       -P--SLSLRR--KRPPPP
SPD	SA-QLQ-AG-AGQAR  VDRRG--R VQKNKQKK-NS     SNGE-PKE-K--Q-Q---
SDV	SA-QLQ-AG-AGQAR  LDRPG-- LF-EKTS-RRR  TLPTEKN-RRRR-KP--PGE-R
   	  *   :  *.                                                 

120	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	KKK  QP   AKPKPGKRQRMALKLEADRLFDVKNEDGDVIGHALAMEGKVMKPLHVKGT	C
OCK	---  --   --T-----------------------------------------------
AR8	---  --   --------------------------------------------------
GIR	---  --   --------------------------------------------------
YN8	---  --   --------------------------------------------------
XJ1	--R  --   --------------------------N-----------------------
AUR	-G-N --QQPK---------T---F----T-VG-----KIM-Y-V------I---Y----
SFV	---DK-ADK K-K-----E--CM-I-N-CI-E--H- -K-T-Y-CLVGD-----A----V
BFV	-S-   -        ---M-NCM-I-N-CI-P-MLD -K-N-Y-CLVGD-----A-----
ONN	-QT  -K    -KR--R-E--CM-I-N-CI-E-RH- -K-T-Y-CLVGD-----A-----
IGB	-QT  -K    -KR--R-E--CM-I-N-CI-E--H- -K-T-Y-CLVGD-----A-----
SG6	-QT  -K    -KR--R-E--CM-I-N-CI-E--H- -KIT-Y-CLVGD-----A-----
RRV	-P-   -QA K-K---R-E--CM-I-N-CI-E--LD -K-T-Y-CLVGD-----A-----
SAG	-NL  AK    -K-----E--CM-I-N-CI-E--LD -K-T-Y-CLVGD-----A----V
VEE	-AQNGNKKK TNK--------VM---S-KT-PIML- -KIN-Y-CVVG--LFR-M--E-K
EEE	A--  -K   R----------CM---S-KT-PIMLN -Q-N-Y-CVVG-R-F-----E-R
SPD	-GSGGEKVKKTRNR---EV-ISV-CARQST-P-YH- -AIS-Y-VLIGSR-F--A----K
SDV	ERRG KSQETPGTG---KLGSP-SVPDRTPSPLYHD -AIS-Y-VLIGSR-F--A----K
   	               *:.    :.           : * : *:*  : .::::* :*:* 

180	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	IDHPVLSKLKFTKSSAYDMEFAQLPVNMRSEAFTYTSEHPEGFYNWHHGAVQ YSGGRFT	C
OCK	---------------------------------------------------- -------
AR8	---------------------------------------------------- -------
GIR	---------------------------------------------------- -------
YN8	---------------------------------------------------- -------
XJ1	---------------------------------------------------- -------
AUR	----A-A--------S------K--TE-K-D--G--T----V---------- F------
SFV	--NAD-A--A-K---K--L-C--I--H---D-SK--H-K---H--------- -------
BFV	--N-E-A--T-K---K--L-C--V--C-K-D-SKF-H-K---H--------- F-N----
ONN	--NAD-A--A-KR--K--L-C--I--H-K-D-SKF-H-K---Y--------- -------
IGB	--NAD-A--A-KR--K--L-C--I--H-K-D-SKF-H-K---Y--------- -------
SG6	--NAD-A--A-KR--K--L-C--I--H-K-D-SKF-H-K---Y--------- -------
RRV	--N-D-A--TYK---K--L-C--I--H-K-D-SK--H-K---H--------- --X----
SAG	--N-D-A--TYK---K--L-C--I--H-K-D-SK--H-K---H--------- -------
VEE	--ND--AA--TK-A-K--L-Y-DV-Q---ADT-K--H-K-Q-Y-S------- -EN----
EEE	--NEQ-AAI-LK-A-I--L-YGDV-QC-K-DTLQ---DK-P----------- -ENN---
SPD	----E-ADI--QVAEDM-L-A-AY-KS--DQ-AEPAT MMDRV---EY-TIR VEDNVII
SDV	F---E-ADI--QVAEVM-L-A-AY-KC--DQ-AEPAT MMD-V--GEY-NI-EWRTILYS
   	:*:  *: :    :.  *:* .  *  *: ::   :       *. .:* ::        

240	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	IPRGVGGRGDSGRPIMDNSGRVVAIVLGGADEGTRTALSVVTWNSKGKTIKTTPEGTEEW	C
OCK	------------------------------------------------------------
AR8	------------------------------------------------------------
GIR	------------------------------------------------------------
YN8	------------------------------------------------------------
XJ1	------------------A---------------------------------S-------
AUR	--T----P-------L----K---------N-VPG---------K--AA----H-D-V--
SFV	--T-A-KP-------F--K-----------N--S---------- -DMVTRV----S---
BFV	--T-S-KP-------F--T-K---------N--A---------- -DMVTRI---ESV--
ONN	--T-A-KP-------F--K-----------N------------- -DIVT-I----SV--
IGB	--T-A-KP-------F--K-----------N------------- -DIVT-I----SV--
SG6	--T-A-KP-------F--K-----------N------------- -DIVT-I----SV--
RRV	--T-A-KP-------F--K-----------N--A---------T -DMVTRV--------
SAG	--T-A-KP-------F--K-----------N--A---------T -DMVTRY--------
VEE	V-K---AK-------L--Q----------VN--S-------M--E--V-V-Y---NC-Q-
EEE	V------K-------L--K----------VN--S----------Q--V-V-D----S-P-
SPD	DAS-R-KP-----A-T----K--G-----GPD-R--R---IGFDK-M-AREIAYSDAIP-
SDV	MRAAEAS-------FT----K--G-----GPD-R--R---IGFDK-L-AREIAYSEAIP-
   	   . .  *****.: ** *:**.*****  :   * ***: :  *  . . : .    *

300	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	SA   APL     VTAMCLLGNVSFPCDRP   PTCYTREPSRALDILEENVNHEAYDTL	E3
OCK	--   ---     --------------N--   ---------------------------
AR8	--   ---     --------------N--   ---------------------------
GIR	--   ---     --------------N--   ---------------------------
YN8	--   ---     --------------N--   ---------------------------
XJ1	--   ---     --------------N--   ----------------------D----
AUR	-R   -       I----I-Q--T------   ----N-N-DLT-TM--T----PS--V-
SFV	-    ---     I----V-A-AT---FQ-PCV-C--ENNAEAT-RM--D--DRPG-YD-
BFV	--A  -LX     I--L-V-Q-L-----A-PCA-C--EKD-AGT-RL-SDHYY-PK-YE-
ONN	-LA  L-        V----A-TT---SQ-PCA-C--EKK-EET-RM--D--MQPG-YQ-
IGB	-LA  L-        V----A-TT---SQ-PCA-C--EKK-EET-RM--D--MQPG-YQ-
SG6	-LA  L-        V----A-TT---SQ-PCA-C--EKK-EET-RM--D--MQPG-YQ-
RRV	-    -       ALM--I-A-T----SS-PCY-C--EKQ-EQT-RM--D---RPG-YE-
SAG	--           ALM--V-A--T---SE-ACA-C--EKQ-EQT-RM--D--DRPG-YD-
VEE	-      -     --T----A--T---AQ-   -I--D-K-AET-AM-SV--DNPG--E-
EEE	-      -     A-V--V-A-IT----Q-PCM-C--EKN-HET-TM--Q-YDSR---Q-
SPD	TR   --ALLLLPMVIV-TYNSNT-D-SK-SCQDC-I-A--EK-MTM-KD-L-DPN-WD-
SDV	TR   --ALLLLPMVIA-TYNSNT-D-SK-SCQDC-I-A--KK-MTM-KD-L-DPN-WD-
   	:                *   . :* *  *     *   ..  :: :*. :     *  *

360	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	LNAILRCGSSGRSKRSVIDDFTL            TSPYLGTCSYCHHTVPCFSPVKIEQ	E3/E2
OCK	-----------------T-----            --------------E-----I----
AR8	-----------------T-----            --------------E-----I----
GIR	-----------------T-----            --------------E-----I----
YN8	-----------------T-----            --------------E-----I----
XJ1	-D-----DF---N----TG----            --------P-----E-----I----
AUR	-D-A---PTRRHVRSTPT-----            -A----L-HR-KTME--Y--I---K
SFV	-Q-A-T-RNGT-HR---SQH-NVYK         A-R--IAY-AD-GAGHS-H---A--A
BFV	-DSTMH-PQGR-P----AHFEAYK          A-R--I-W-AD-GLAGS-P---S--H
ONN	-DSA-A-SQR -Q--NAREN-NVYK         V-R---AH-PD-GEGHS-H--IAL-R
IGB	-DSA-A-SQH -QR-NAREN-NVYK         V-R---AH-PD-GEGHS-H--IAL-R
SG6	-DSA-A-SQH -QR-NAREN-NVYK         V-R---AH-PD-GEGHS-H--IAL-R
RRV	-E-SMT-RNRS-HR----EH-NVYK         A-R---AX-AD-GDGYF-Y---A--K
SAG	-E-TMT-NN-A-HR---TEH-NVYK         A-K---AY-AD-GDGQF-Y---A--K
VEE	-E-AVK-PGR  KR--TEEL-KEYK         L-R--MAR-IR-AVG S-H--IA--A
EEE	-D-AVK-NAR -TR-DLDTH--QYK         LAR--IAD-PN-G-S R-D--IA--E
SPD	-I-VTT---A -R--A-STSPAAFYDTQILAAHAAA---RAY-PD-DG- A-I--IA-DE
SDV	-I-VTT-S-A -K--A-STSPVAVYDTQILAAHAAA---RAY-PD-DG- A-I--IA-DE
	* :   *      :                     : ** . *  *     * **: :: 

420	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	VWDEADDNTIRIQTSAQFGYDQSGA ASANKYRYMSLKQDHTVKEGTMDDIKISTSGPCR	E2
OCK	---------------------K--- --T-------FE----------------------
AR8	------------------------- --S--------E----------------------
GIR	------------------------- --S--------E----------------------
YN8	------------------------- --S--------E----------------------
XJ1	----P--T----------------- T-V-------FD--------Q-------------
AUR	---D---GVL---V---L--NRA-T -ASARL-F-GGGVPPEIQ--AIA-F-VF--K--L
SFV	-RS--T-GMLK--F---I-I-K-DN HDYT-I--A   DG-AIENAVRSSL-VA---D-F
BFV	--SD---GVLK--V-M-I-IAK-NT INHA-I---G   ANG-Q-AERSTLSV--TA--D
ONN	IRS--T-G-LK--V-L-I-IKTDDS HDWT-L---D   S--PVDADRSGLFVR--A--T
IGB	IRS--T-G-LK--V-L-I-IKTADS HDWT-L---D   S--PVDADRSGLFVR--A--T
SG6	IRS--T-G-LK--V-L-I-IKTDDS HDWT-L---D   S--PVDADRSGLFVR--A--T
RRV	IR---S-GMLK--V---I-L-KA-T HAHT-M---A   G-D-Q-SKR-SLRVY--AA-S
SAG	IR---S-GM-K--VA--I-INKR-T HEH--I--IV   G-YM--ANR-SLQVH---V-A
VEE	-KSDGH-GYV-L---S-Y-L-S--N LKGRTM--DM   HG-I--IPLHQVSLH--R--H
EEE	-RGD-HAGV-------M--LKTD-  VDLAYMSF-N   GK-Q-SIKI-NLHVR--A--S
SPD	-VSSGS-HVL-MRVGS-S-VTAK-GA-GETSL--LG  R-GK-HAADNTRLVVR-TAK-D
SDV	-VSSGS-HVL--RVGS-S-VTAK-GA-GETSL--LG  R-GK-YAADNTRLVVR-TAK-D
   	: ..     :::: .   *    .         :                . : *:  * 

480	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	RLSYKGYFLLAKCPPGDSVTVSIVSS NSATSCTLARKIKP KFVGREKYDLPPVHGKKI	E2
OCK	-----------------------A-- -------M------ ------------------
AR8	-----------------------A-- -------M------ ------------------
GIR	-----------------------A-- -------M------ ------------------
YN8	-----------------------A-- -------M------ ------------------
XJ1	--GH---------------------- S-T----------- ------R------Y--N-
AUR	H--H----VIV-------I-T-LKVH G-DQT--IPMRVGY --------T---M--TQ-
SFV	VHGTM-H-I-------EFLQ---QDTR-AVRA-RIQYHHD- QP-----FTIR-HY--E-
BFV	I-ATM-H-I--R-R--SQ-E--LSTD  PKLL-RTPFSH-- R-I-N--SPA-TG-KTR-
ONN	ITGTM-H-I--R--K-ETL--GF-D-RRISHT-MHPFRHE- PLI----FHSR-Q---EL
IGB	ITGTM-H-I--R--K-ETL--GF-D-RRISHT-MHPFHHE- PLI----FHSR-Q---EL
SG6	ITGTM-H-I--R--K-ETL--GF-D-RRISHT-MHPFHHE- PLI----FHSR-Q---EL
RRV	IHGTM-H-IV-H-----YLKX-FEDANSHVKA-KVQY-HD- LP-----FVVR-HF-VEL
SAG	IRGTM-H-IV-Y-----ELK-QFQDAESHTQA-KVQY-HD- AP-----FTVR-HF-IEV
VEE	IVDGH------R--A---I-MEFKKD SVTH--SVPYEV-F NP----L-TH--E--VEQ
EEE	LV-HH--YI--Q-----T---GFHDG PNRHT--V-H-VEF RP------RH--E--VEL
SPD	V-QAT-HYI--N--V-Q-L--AATLD GTRHQ--TVFEHQVTEKFT--RSKGHHLSDMTK
SDV	V-QAT-HYI--N--V-Q-L--AATLD GTRHQ--TVFEHQVTEKFT--RSKGHHLSDLTK
   	     *::::. *  *. :             *           . .*            

540	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	PCTVYDRLKETTAG   YITMHRPRPHAYTSYLEESSGKVYAKPPSGKNITYECKCGD	E2
OCK	--------------   -------G---------------------------------  
AR8	--------------   -------G---------------------------------  
GIR	--------------   -------G---------------------------------  
YN8	--------------   -------G---------------------------------  
XJ1	--RM-------S--   -------G----------A---I------------------  
AUR	--LT-E-TR-KS--   -V-----GQQSI-MLM---G-E--VQ-T--R-V--------  
SFV	---T-QQTTAE-VE   E-D--M-PDTPDRTL-SQQ--N-KIT VG--KVK-N-T--T  
BFV	--KT-SHQTDL-RE   E----V- -DVPIQG-VSNT--S-SLD-KT-T-K-K-T--ET 
ONN	--ST-VHTTAA--E   E-EV-M-PDTPDYTLMTQQA-N-KIT VD-QTVR-K---DG  
IGB	--ST-VHTTAA-TE   E-EV-M-PDTPDYTLMTQQA-N-KIT VD-QTVR-K---DG  
SG6	--ST-VHTTAA-TE   E-EV-M-PDTPDYTLMTQQA-N-KIT VD-QTVR-K---DG  
RRV	---S-QLTTAP-DE   E-D--T-PDIPDRTL-SQTA-N-KIT AG-RT-R-N-T--R  
SAG	---T-QLTTAP-EE   E-D--T-PDIPDITL-SQQ--D-KIT AG--T-R-N-T--S  
VEE	A-Q--AHDAQNRGA   -VE--L-GSEVDS-LVSL-GSS-TVT--V-TSALV--E--GT 
EEE	--NR-THKRADQGH   -VE--Q-GLV-DH-L-SIH-A--KITV---AQVK-Y---P-  
SPD	K--RFSTTPKKS-LYLVDVYDAL-ISVEISTVVTC-DSQCTVRV-P-TTVKFDK--KSAD
SDV	K--RFSTTPKKS-LYLVDVYDAL-TSVEISTVVTCNERQCTVRV-P-TTVKFDKR-KNAA
   	 *  :             :    *        :     .                *    

600	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	YKTGTVSTRTEITGCTAIKQCVAYKSDQTKWVFNSPDLIRHDDH TAQGKLHLPFKLIPS	E2
OCK	------T----------------------------------A-- ---------------
AR8	------T------------------------------S---A-- ---------------
GIR	------T----------------------------------A-- ---------------
YN8	------T------------------------------S---A-- ---------------
XJ1	------K----------------------------------A-- A---------R-V--
AUR	F-----TA--K-D---ER---I-ISA-HV------------T-- -------I--P-QQA
SFV	GNV--TNSDMT-NT- L-E--HVSVT-HK--Q----FVP-A-EP ARK--V-I--P-DNI
BFV	V-E--ATNKITLFN-DTAPK-IT-AV-N-V-QY--QYVP-SEVT EVK--I-V--P-TD-
ONN	SNE-LITADKV-NN- KVD--HTAVTNHK--QY---LTP-NSEQGDRK--I-I--P-VNT
IGB	SNE-LIT-DKV-NN- KVD--HTAVTNHK--QY---LTP-NSEQGDRK--I-I--P-VNT
SG6	SNE-LIT-DKV-NN- KVD--HTAVTNHK--QY---LTP-NSEQGDRK--I-I--P-VNT
RRV	DNV--T--DKT-NT- K-D--H-AVTSHD--X-T--FVP-A-QT ARK--V-V--P-TNV
SAG	GNV--T-SDKT-NS- K-A--H-AVTNHD--QYT-SFVP-A-QL PRK--V-V--P-TN-
VEE	KISE-INKTKQFSQ--KKE--R--RLQND---Y--DK-PKAAGA -LK----V--L-ADG
EEE	VRE--T-SD YT-T--DV---R--LI-NK---Y--GR-P-GEGD -FK----V--VPVKA
SPD	SA-V-FTSDSQTFT- EEPVLT-ASIT-G-PHLR-AM-PSGGKE  VKARIPF--PPETA
SDV	KE-V-FTSDSQTFT- EEPVLT-ASIT-G-PHLR-SM-PSGGKE  VKARIPF--PPETA
   	      .       *       .    :      *            :.:: .**     

660	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	TCMVPVAHAPNVIHGFKHISLQLDTDHLTLLTTRRLGANPEPTTEWIVGKTVRNFTVDRD	E2
OCK	-----------------------------------------------I------------
AR8	------------V----------------------------------I-N----------
GIR	------------V----------------------------------I------------
YN8	------------V----------------------------------I-N----------
XJ1	S-K-------S-V------------------------------S---I-------S-G--
AUR	Q-T--L--L-G-K-AYRSM--T-HAE-P------H--E--Q--A-----SVT---SITIQ
SFV	--R--M-RE-T----KREVT-H-HP--P--FSY-T--ED-QYHE--VTAAVE-TIP-PV-
BFV	--A-S--PE-Q-TYRLGEVEFHFHPMYP--FSI-S--KD-SHSQ---DTPMSKTIQ-GAE
ONN	--R--K-RN-T-TY-KNRVT-L-HP--P---SY-AM-RI-DYHE---TN-KEISI--PAE
IGB	--R--K-RN-T-TY-KNRVT-L-YP--P---SY-AM-RI-DYHE---TS-KEISI--PAE
SG6	--R--K-RN-TITY-KNRVT-L-YP--P---SY-SM-RI-DYHE---TS-KEISI--PAE
RRV	--R--L-R--D-TY-K-EVT-R-HP--P-XFSY-S---V-H-YE--VDKFSE-IIP-TEE
SAG	--R--L-R--G-TY-KRELTVK-HP--P----Y-S---D-R-YE---DRYVE-TIP-TE-
VEE	K-T--L-PE-MITF--RSV--K-HPKNP-Y----Q-ADE-HY-H-L-SEPA------TEK
EEE	K-IATL-PE-L-E-KHRTLI-H-YP--P------S--SDAN--RQ--ERP-TV----TGE
SPD	--R-S--PL-SITYEESDVL-AGTAKYPV-----N--FHSNA-S---Q--YL-RIP-TPQ
SDV	--R-SI-PL-SITYEESDVL-AGTAKYPV-----N--FHSNA-S---Q--YL-RIP-TPQ
   	 * .. *  * : .    : .   .   . :: * :.  .    : :       : :  .

720	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	GLEYIWGNHEPVRVYAQE SAPGDPHGWPHEIVQHYYHRHPVYTILAVASATVAM  MIG	E2
OCK	------------------ --------------------------------A---  ---
AR8	------------------ --------------------------------A---  ---
GIR	------------------ --------------------------------A---  ---
YN8	------------------ --------------------------------A---  ---
XJ1	----T----D-------- -------------I--------A----T-V--A--V  L--
AUR	-F--T---QK-------- ----N---------R----LY-F--VTVLSGMGL-I  CA-
SFV	-M--H---ND---LWS-L TTE-K------Q---Y--GLY-AA-VS--VGMSLLA  L-S
BFV	-V--V---NN---LW--K -SSSSA--N-IS--S---DLY-YW--TVL--LGLLI  V-S
ONN	---VT---ND-YKYWP-L -TN-TA--H----ILY--ELY-TT--AVL-A-SIVITSLV-
IGB	---VT---ND-YKYWP-L -TN-TA--H----ILY--ELY-TT--AVL-A-SIVVASLV-
SG6	---VT---ND-YKYWP-L -TN-TA--H----ILY--ELY-TT--AVL-A-SIVVASLVS
RRV	-I--Q---NP---LW--L TTE-K--------I-Y--GLY-AA--A--SG-SLMA  LLT
SAG	-I--R---NP---LW--L TTE-K--------ILY--GLY-AA--A--SA-GL-V  VLS
VEE	-W-FV----P-K-FW--- T---N---L---VIT-----Y-MS---GLSICAAIA  TVS
EEE	----T----P-K--W--- -GE-N-------V-VY--N-Y-LT--IGLCTCVAII  -VS
SPD	-I-LT---NA-MHFWSSVRY-S--ADAY-W-LLVYHTKH--E-AWAF-GV-CGLL  A-A
SDV	-I-LML--NA-LHFWSSVRY-S--ADAY-W-LLV-HIKH--E-AWAF-GV-CGLL  AVA
   	* *   **: * : :..     . ... * .:: ::   :*  :   :            

780	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	VTVAVLCACKARRECLTPYALAPN AVIPTSLALLCCVRSANAET FTETMSYLWSNSQP	E2/6K
OCK	----A------------------- -------------------- -------F------
AR8	----A------------------- -------------------- --------------
GIR	----A------------------- -------------------- --------------
YN8	----A------------------- -------------------- --------------
XJ1	L---A--T---------------- --V---I-----I------- -S------------
AUR	LVISI--C-----D-----Q---- -TV-FLVT-C--FQRTS-DE --D--G---QH--T
SFV	IFASCYMLVA--SK-------T-G -AV-WT-GI---APR-H-AS VA---A---DQN-A
BFV	SGFSCFLCSV--TK-----Q---G -QL--FI-----AK--R-D- LDD F----T-N-A
ONN	LSLG M-I- ---R-I---E-T-G -T--FL-GV---A-T-K-AS YY-AAT---NEQ--
IGB	LSLG M-I- ---R-I---E-T-G -T--FL-GI----KT-K-AS YY-AAT---NEQ--
SG6	LSLG M-I- ---R-I---E-T-G -T--FL-GV----KT-K-AS YY-AAT---NEQ--
RRV	LAATCCMLAT---K-------T-G --V-LT-G--X-APR---AS -A---A---DENKT
SAG	LLASCYMFAT---K-------T-G --V-VT-GV---APR-H-AS -A-S-A---DEN-T
VEE	-AASTWLF-RS-VA-----R-T-- -R--FC--V---A-T-R--- TW-SLDH--N-N-Q
EEE	CVTS-WLL-RT-NL-I---K---- -QV-IL------IKPTR-DD TLQVLN---N-N-N
SPD	ACMF A---SRV-YS-VANTFNS-PPPLTALT-A---IPG-R-DQPYLDIIA-FLGVRG 
SDV	ACMF A---NRV-YS-LANTFN--PPPLTALT-A---IPG-R-DQPYLDIIA---T--KV
   	              .: .  : .. . :.       *   : *     :   ::      

840	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	FFWVQLCIPLAAFIVLMRCCS     CC  LPFL        VVAGAYLAKVDAYEHATT	6K/E1
OCK	------------V--------     --  ----        ------------------
AR8	------------VV-------     --  ----        ------------------
GIR	------------V--------     --  ----        ------------------
YN8	------------VV-------     --  ----        ------------------
XJ1	---A--------VVI-V----     --  ----        ----V--G----------
AUR	M--I--V-----V-T-V----     --  ----        L--SP PN-A-----TI-
SFV	L--LEFAA-V-CILIITY-LRN VLC--KS-S--        -LL SLG-TAR----S-V
BFV	M--L--AS-V---LC-SY--RN  LA-- MKI--        GIS-LCVIATQ----S--
ONN	L--L--L---S-A--VCN-LKLLP C--KT-T--        A-MSIGART-T------V
IGB	L--L--L---S-A--VCN-LKLLP C--KT-T--        A-MSIGART-S------V
SG6	L--L--L---S-A--ACN-LKLLP C--KT-T--        A-MSIGART-S------V
RRV	L--MEXXX XXXALA-LA--IKSLIC--KPFS--        -LL SLG-SAK----TA-
SAG	L--LE-AT----I-I-VC-LKN LLC--QP-S--        -LVSLGTPV-KS---TA-
VEE	M--I--L-----L--VT-LLR   CV-- VV---        -M-   G-AAG-------
EEE	---M-TL-----L--C--MLR  CLF--G PA--        L-C-  ALGAA----TAV
SPD	  -SA-LVI--YV      Q-     -                         KS---TVV
SDV	A-GL-CAA-V-CMLIVTYALR HCRL--N  S--GVRGWSALL-IL--VQSCK----TVV
   	                          *                          :***: .

900	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	VPNVPQIP YKALVERAGYAPLNLEITVMSSEVLPSTNQEYITCKFTTVVPSPKIKCCGS	E1
OCK	-------- ---------------------------------------------V-----
AR8	-------- ---------------------------------------------VR----
GIR	-------- ---------------------------------------------V-----
YN8	-------- ---------------------------------------------VR----
XJ1	I----K-- -------S-----------V--Q----------------------V-----
AUR	---A-LNS -------P--------VM--NTQII--VKR-----RYH------Q-----T
SFV	M---VGF- ---HI--P--S--T-QMQ-VETSLE-TL-L-----EYK------YV----A
BFV	M--QVG-- F---I--P---G-P-SLV-IK--LV--LV-D----NYK------Y-----G
ONN	I--TVGV- C-T--S-P--S-MV--MELQ-VTLE-ALSLD----EYK-IT---YV----T
IGB	I--TVGV- --T--S-P--S-MV--MELQ-VTLE-TLFLD----EYK-IT---YV----T
SG6	I--TVGV- --T--S-P--S-MV--MELQ-VTLE-TLFLD----EYK-IT---YV----T
RRV	I---VGF- ---HI--NXFS-MT-QLE-VXXSLE-TL-L-----EYK------F-----T
SAG	I---VGF- ---HI--N-FS-MT-QLE-LGTSLE-TL-L-----EYK----P-Y-----A
VEE	M-SQAG-S -NTI-N-------PIS--PTKIKLI-TV-L--V--HYK-GMD--A------
EEE	M--KVG-- -------P----VH-Q-QLVNTRII----L------YK-K----VV----A
SPD	--MD-RA-S-E-VIN-N--D--K-T-S-NFTVIS-T-AL--W--AGVPI-EP-HVG--T-
SDV	--MD-RA-S-E-VIN-N--D--K-T-A-NFTVIS-T-AL--W--AGVP--EP-HVG--T-
   	:*     .  :: :.*  :  : : :      : *:   :* **   .   .* : **  

960	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	LECQP          AAHADYTCKVFGGVYPFMWGGAQCFCDSENSQMSEAYVELSADCA	E1
OCK	-----          ---------------------------------------------
AR8	-----          -----------------------------------------V---
GIR	-----          ---------------------------------------------
YN8	-----          -----------------------------------------V---
XJ1	-----          ------N-----------------------T-------K-----V
AUR	V--PK          GEK--------T-----L--------------L-DK-----T---
SFV	S--ST          KEKP--Q---YT----------Y-------T-L-----DR-DV-R
BFV	A--SH          KNE---K-S--T----------Y----T-------V--TRGES-E
ONN	A--KA          KNLP--N----T----------Y----A--T-L---H--K-ES-K
IGB	A--KA          KNLP--N----T----------Y----A--T-L---H--K-ES-K
SG6	A--KA          KNLP--N----T----------Y----A--T-L---H--K-ES-K
RRV	S--SS          KEQP--Q---YT----------Y-------T-L-----DR-DV-K
SAG	S--RS          MERP--Q-Q-YT----------Y----T--T-L-----DR-DV-K
VEE	Q--T-          TYRP-EQ----T----------Y----T--T-V-K---MK-D--L
EEE	TQ-TS          KP-P--Q-Q--T----------Y----T--T--------R-EE-S
SPD	VS-PSDLSTLHAFTGK-VS-VH-D-HTN---LL--A-H---ST--T-V-AVAATV-EF--
SDV	VS-PSDLSTLHAFTGK-VS-VH-D-HTN---LL--A-H---ST--T-V-AVAATV-EF--
   	 .*               .*  *.*. .***::**.* ***.:**:*:*   .  .  * 

1020	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	SD  HAQAIKVHTAAMKVGLRIVYGNTT SFLDVYVNGVTPGTSKDLKVIAGPISASFTP	E1
OCK	T-  ------------------------ -------------------------------
AR8	T-  ------------------------ ---------------------------L---
GIR	T-  ------------------------ -------------------------------
YN8	T-  ------------------------ ---------------------------L---
XJ1	T-  Y---VN------------------ -Y----------------------V-S----
AUR	T-  --E-VR----SV-SQ---T---S- AQV--F------AR---M-L----L-TT-S-
SFV	H-  --S-Y-A---SL-AKV-VM---VN QTV------DHAV-IGGTQF-F--L-SAW--
BFV	A-  --I-YQ----SL-AQVM-SI-ELN QTV--F---DS-ARIQQS-F-L----SAWS-
ONN	TE  F-S-YRA---SVSAK--VF-QGNN ITVSA-A--DHAV-VE-A-FVI--L-SAWS-
IGB	TE  F-S-YRA---SVSAK--VF-QGNN ITVSA-A--DHAV-V--A-FVI--L-SAWS-
SG6	TE  F-S-YRA---SVSAK--VF-QGNN ITVSA-A--DHAV-V--A-FVI--L-SAWS-
RRV	H-  --L-Y-A---SL-ATI--S--TIN QTTEAF---EHAVNVGGS-F-F----TAWS-
SAG	H-  --A-Y-A------ATI--S---LN QTTTAF---EHTV-VGGSRFTF----TAW--
VEE	A-  --E-Y-A---SVQAF-N-TV-EHS IVTT-----E--VNFNGV-LT---L-TAW--
EEE	I-  --K-Y----GTVQAMVN-T--SVSWRSA------E--AKIG-A-L-I--L-SAWS-
SPD	Q-SER-E-FS--SSSVTAEVLVTL-EVV TAVH---D---SARGT---IV----TTDYS-
SDV	Q-SER-E-FS--SSSVTAEILVTL-EVV TAVH---D---SARGT---IV----TTDYS-
   	 :   * *  .*:.::   : :           .:.:*  .      :.  **::: ::*

1080	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	FDHKVVIHRGLVYNYDFPEYGAMKPGAFGDIQATSL   TSKDLIASTDIRLLKPSAKNV	E1
OCK	--------------------------V---------   ---------------------
AR8	-------N----------------------------   ---------------------
GIR	------------------------------------   ---------------------
YN8	-------N----------------------------   ---------------------
XJ1	-N-----Y------------------V---------   --R--------------V---
AUR	--N--I-YH-K--------F--GT------V--S-T   -GS--L-N-A-H-QR-E-R-I
SFV	--N-I-VYKDE-F-Q---P--SGQ--R-----SRTV   E-N--Y-N-ALK-AR--PGM-
BFV	-----IVY-DE---E-YAP--SGQA-R-----SRTV   N-T-VY-N-NLK-KR-ASG--
ONN	--N-I-VYK-E---M-Y-PF--GR--Q-----SRTP   D---VY-N-QLI-QR-A-GAI
IGB	--N-I-VYK-E---M-Y-PF--GR--Q-----SRTP   D---VY-N-QLI-QR-A-GAI
SG6	--N-I-VYK-E---M-Y-PF--GR--Q-----SRTP   D---VY-N-QLI-QR-A-GAI
RRV	--N-I-VYKDD---Q---P--SGQ--R-----SRTV   E----Y-N-ALK-SR--PGV-
SAG	--N-I-VYKND---Q---P--SGQ--R---V-SRTV   E----Y-N-ALK-SR--SGT-
VEE	--R-I-QYA-EI----------GQ--------SRTV   S-S--Y-N-NLV-QR-K-GAI
EEE	--N---V-GHE----------TG-A-S---L-SRTS   --N--Y-N-NLK-QR-Q-GI-
SPD	--R---RIGEE-----W-P---GR--T------R-TNYVKPN--YGDIG-EV-Q-TNDH-
SDV	--R---RIGEE-----W-P---GR--T------R-TNYVKPN--YGDIG-EV-Q-TNDH-
   	*:.*::     ::* *:. :*:  .* ***:*: :       *: ..  : : :*    :

1140	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	HVPYTQASSGFEMWKNNSGRPLQETAPFGCKIAVNPLRAVDCSYGNIPISIDIPNAAFIR	E1
OCK	-------A----------------------------------------------------
AR8	-------A----------------------------------------------------
GIR	-------A----------------------------------------------------
YN8	-------A----------------------------------------------------
XJ1	-------A----------------------------------------------------
AUR	-------P----F------Q--SD-------VN------DK-AV-SL---V---D---T-
SFV	------TP---KY-LKEK-TA-NTK-----Q-KT--V--MN-AV----V-MNL-DS--T-
BFV	------TP---SY--KEK-V--NRN-----I-K---V--EN-V-------M--AD-H-T-
ONN	----S--P---KY-LKEK-AS--H------Q--T--V---N-AV----V-----D---T-
IGB	----S--P---KY-LKEK-AS--H------Q--T--V---N-AV----V-----D---T-
SG6	----S--P---KY-LKEK-AS--H------Q--T--V---N-AV----V-----D---T-
RRV	------TP---KY-LKEK-SS-NTK-------KT--V--M--AV-S--V-M---DS--T-
SAG	------TP---KY-IKER-TS-NDK-----V-KT--V--EN-AV----V-M---DS--T-
VEE	-------P----Q--KDKAPS-KF------E-YT--I--EN-AV-S--LAF---D-L-T-
EEE	-T-F---P----R--RDK-A--NDV-----S--LE----EN-AV-S--------D---T-
SPD	--A--YTT--LLR-LQDAPK--SV---H----SA---L-L--GV-AV-M--N--D-K-T-
SDV	--A--YTT--LLR-LQDAPK--SV---H----SA---L-L--GV-AV-M--N--D-K-T-
   	*..:: :.**:  * .:   .*.  **.** :  :*: * .*  * :*::.::.:: * *

1200	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	TSDAPLVSTVKCEVSECTYSADFGGMATLQYVSDREGQCPVHSHSSTATLQESTVHVLE	E1
OCK	------------D---------------------------------------------- 
AR8	------------D---------------------------------------------- 
GIR	------------D---------------------------------------------- 
YN8	------------D---------------------------------------------- 
XJ1	I--------------G------------------------------------------- 
AUR	V-E --P-LL--T-TS----T-Y--VLV-T-E---A---A--------V-RDPS-Y-EQ 
SFV	IVE--TIIDLT-T-AT--H-S----VL--T-KTNKN-D-S-----NV-----A-AK-KT 
BFV	IDES-S--LKA---QS----S----V-SIS-T-NKV-K-AI----NS--MKD-VQD-Q- 
ONN	VT---SITDMS---AS--H-S----A-VIK-TASKK-K-A---VTNAV-IR-PN-D-KG 
IGB	VT---S-TDMS---AS--H-S----A-VIK-TASKK-K-A---LTNAV-IR-PN-D-EG 
SG6	VT---S-TDMS---AS--H-S----A-VVK-TASKK-K-A---LTNAV-IR-PN-D-EG 
RRV	VV---A-TDLS-Q-AV--H-S---XV---S-KT-KP-K-A-----NV-----A--D-K- 
SAG	VI---A-TNLE-Q-AV--H-S----I---TFKT-KP-K-A-----NV--I--AA-DIKT 
VEE	V-ET-TL-AAE-TLN--V--S----I--VK-SASKS-K-A--VP-G----K-AA-ELT- 
EEE	I-ET-T--DLE-KIT----AS----I--VA-K-SKA-N--I--P-GV-VIK-ND-TLA- 
SPD	KLKD-KP-AL--V-DS-E-GV-Y--A--IT-EGHEA-K-GI--LTPGVP-RT-V-E-VAG
SDV	KLKD-KP-AL--V-DS-E-GV-Y--A--IT-EGHEA-K-GI--LTPGVP-RT-V-E-VAG
   	  . *      * :  * :. *:*    : :   . *.* :*  :  . ::     :   

1260	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	KGAVTVHFSTASPQANFIVSLCGKKTTCNAECKPPADHIVSTPHK NDQEFQAAISKTSW	E1
OCK	--------------------------------------------- --------------
AR8	--------------------------------------------- --------------
GIR	--------------------------------------------- --------------
YN8	--------------------------------------------- --------------
XJ1	------------------I-------------------------- I-----T-------
AUR	--ET-LK---R-L--D-E--M--TR---H-Q-Q--TE-VMNR-Q- STPD-SS-------
SFV	A-K--L------ASPS-V----SARA--S-S-E--K----PYAAS HSNVVFPDM-G-AL
BFV	S--LSLF-A-S-VEP--V-QV-NARI--HGK-E--K----PYAA-H--A--P S--T-A-
ONN	TAQLQIA----LAS-E-K-QI-STLVH-S-T-H--K----NY-SPHTTLGV- D--T-AM
IGB	TAQLQIA----LAS-E-K-QI-STQVH-S-T-H--K----NY-SPHTTLGV- D--T-AM
SG6	TAQLQIA----LAS-E-K-QI-STQVH-S-T-H--K----NY-SPHTTLGV- D--T-AM
RRV	D-K------XX-ASPA-K--V-DA----T-A-E--K----PYGASH-N-V-P DM-G-AM
SAG	D-KI-L------ASPA-M--V-SA----M-A-E--K----PYGASH-N-V-P DM-G-AM
VEE	Q-SA-I-----NIHPE-RLQI-TSYV--KGD-H--K----TH-QY HA-T-T--V---A-
EEE	S-SF-F-----NIHPA-KLQV-TSAV--KGD----K----DY-AQ HTES-TS---A-A-
SPD	ANT-KTT--SPT-EVALE-EI-SAIVK-AG--T--KE-V-A-RPR HGSDPGGY--GPAM
SDV	ANT-KTT--SPT-EVTLE-EI-SAIVK-AS--T--KE-V-AARPR HGSDTGGY--GPAM
   	       *:       : :.:*     * . * ** :*::              :* .: 

1320	    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |
SIN	SWLFALFGGASSLLIIGLMIFACSMMLTSTRR   	E1
OCK	------------------T-------------      
AR8	--------------------------------      
GIR	--------------------------------      
YN8	--------------------------------      
XJ1	---L-----------------T---L------      
AUR	N-IT--M--I--IAA-AAIVLVIALVF-AQH-      
SFV	--VQKIS--LG AFA--AILVLVVVTCIGL--      
BFV	Q--AHTTS-PLTI-VVAIIVVVVVSIVVCA-H      
ONN	--VQKIT--VGLVVA-AAL-LIIVLCVSFS-H      
IGB	--VQKIT--VGLVVA-AAL-LIIVLCVSFS-H      
SG6	--VQKIT--VGLVVA-AAL-LIIVLCVSFS-H      
RRV	T-VQRMAS-LGG-AL-AVVVLVLVTCI- M--      
SAG	T-VQRVA--LGG-TLAAVAALILVTCV- M--      
VEE	T--TS-L--SAVII----VLATIVA-YVL-NQKHN   
EEE	---KV-V--T-AFIVL--IAT-VVALVLFFH-H     
SPD	R-AGGIV-TLVV-FL-LAV-YCVVKKCR-K-IRIVKS 
SDV	R-AGRIV-NP-GPVSSS-AVTY-VVKKCRSK-IRIVKS
   	 *     .                      .