nsP4 sequence of alphaviruses

nsP4 sequence comparison. 0 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN XLTGVGGYIFSTDTGPGHLQKKSVLQNQLTEPTLERNVLERIHAPVLDTS OCK --------------------M---------------------Y------- AR8 C-----------------------------------------Y------- GIR --------------------ME--------------------Y------- YN8 ------------------------------------------Y------- AUR -----------S--------Q---I--ST--ILI--SR--K-------LQ SFV R-GRA-A----S---S----Q---R-HN-QCAQ-DAVQE-KMYP-K---E BFV --GRA------S--------QR-----CTA-CIY-PAK--K----K--KT ONN R-DRA------S---Q----Q---R-TT-PVNIV-EVHE-KCYP-K--EI IGB R-DRA------S---Q----Q---R-TT-PVNIV-EVHE-KCYP-K--ET RRV --SRA-A----S--------Q---R-HA-PCEM-YAHEE--TYP-A--EA VEE -RFDA-A----S---Q----Q---R-TV-S-VV---TE--ISY--R--QE EEE -RYEA-A----SE--Q----Q--TR-CK-QY-I---S-H-KFY--R--LE .*.****::** **** .*. * * :.* ** 50 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN KEEQLKLRYQMMPTEANKSRYQSRKVENQKAITTERLLSGLRLYNSATD OCK ------------------------------------------------- AR8 ------------------------------------------------- GIR ------------------------------------------------- YN8 ------------------------------------------------- AUR ---M--C----S--V-------------M--V--G---D--KM-VTPDV SFV R-KL-L-KM--H-S--------------M--TVVD--T--A---TG-DVG BFV --DI-RSK---K-S--------------M--EIVG---D--GE-LGTEH ONN --QL-LK-L-ESAST--R----------M--TIIH--KE-C---LASETP IGB --QL-LK-L-ESAST--R----------M--TIIH--KE-C---LASDTP RRV R-KL-QAKM--A----------------M--VIID--KD-A-T-LAEQSE VEE ---L-RKKL-LN--P--R----------M----AR-I-Q--GH-LK-EG EEE R-KL-QKKL-LCAS-G-R----------M----V----Q-IGS-L--EPQ :*. * : * .: .*:********** ** *: .* * 100 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN QPECYKITYPKPLYSSSVPANYSDPQFAVAVCNNYLHENYPTVASYQITD OCK ------------S-----A------K------------------------ AR8 ------------S------------K------------------------ GIR ------------S------------K------------------------ YN8 ------------S------------K------------------------ AUR EA----Y-----M--A---DRFVS-EV-------FF-------------- SFV RIPT-AVR--R-V--PT-IERF-S-DV-I-A--E--SR------------ BFV PV---R----V-I--T-DLRGL-SAKT--RA--AF-EA-F-S-T--K--- ONN RVPS-RV---A-I--P-INIKLTN-ET------EF-AR---------V-- IGB RVPS-R----A-V--P-INIKL-N-ET------EF-AR---------V-- RRV KIPT-ASK--R-V--P--EDSLQS-EV---A--AF-EA------------ VEE KV---RTLH-V-------NRAF-S-KV--EA--AM-K--F------C-IP EEE PV----V---A-M---TASNSF-SAEV--K---LV-Q--F------N--- * :* * **.: ... *: .** : *:*:*:** : 150 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN EYDAYLDMVDGTVACLDTATFCPAKLRSYPKKHEYRAPNIRSAVPSAMQN OCK -------------------------------R------------------ AR8 -------------------------------R------------------ GIR -------------------------------R-------T---------- YN8 -------------------I-----------R------------------ AUR ---------E-S-S--------------F--T-S-LE-TL-------F-- SFV -----------SDS---R---------C---H-A-HQ-TV------PF-- BFV -----------SES---RSS-S-SR---F--T-S-LD-Q-N-----PF-- ONN -----------SES---R---N-S-------Q-S-H--T-------PF-- IGB -----------SES---R---N-S-------Q-S-H--T-------PF-- RRV -----------SES---R---------C---H-A-HQ-QV------PF-- VEE -----------ASC-----S--------F----S-LE-T--------I-- EEE -----------ASC--------------F----S-LR-E-------PI-- *********:*: .*** : * *::**.:** * * * .*****.:** 200 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN TLQNVLIAATKRNCNVTQMRELPTLDSATFNVECFRKYACNDEYWEEFAR OCK -------------------------------------------------- AR8 -------------------------------------------------- GIR -------------------------------------------------- YN8 -------------------------------------------------- AUR ------S----------------V----V------K-----TD-----KE SFV ------A-----------------M---V------KR---SG-----Y-K BFV ------A-----------------Y---VL---A------KPDV-D-YRD ONN ------A-----------------M---V------K-----Q---R---S IGB ------A-----------------M---V------K-----Q---R---S RRV ------A---------------------V------K-F---G---Q--KD VEE ------A----------------V----A------K-----N----T-KE EEE ---D--A----------------V----A------K---------DFYKT ***:** ****************. ***.:***.*:::**. : * : 250 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN KPIRITTEFVTAYVARLKGPKAAALFAKTYNLVPLQEVPMDRFVMDMKRD OCK -----------------------------H-------------------- AR8 -----------------------------H-------------------- GIR -----------------------------H-------------------- YN8 -----------------------------H-------------------- AUR --------C--S--------E--------HQ------------------- SFV Q-------NI-T--TK-------------H-------------TV----- BFV N--C----N--T---K-------------H--I--HQ----K-TV----- ONN S---V---NL-M--TK-------------H--L----------T------ IGB S---V---NL-M--TK-------------H--L----------T------ RRV D-------NI-T--T--------------H--------------V----- VEE N---L-E-N-VN-ITK-------------H--NM--DI--------L--- EEE N---L-A-N--Q--TK-------------H--Q--H-I--------L--- .** :* * :. *:::****:********::* *:::***:*.:*:*** 300 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN VKVTPGTKHTEERPKVQVIQAAEPLATAYLCGIHRELVRRLTAVLLPNIH OCK -------------------------------------------------- AR8 -------------------------------------------------- GIR ------------------L------------------------------- YN8 -------------------------------------------------- AUR -------------------------------------------------- SFV -----------------------------------------N---R--V- BFV -----------------------------------------NNA-F---- ONN -----------------------------------------N------V- IGB -----------------------------------------N------V- RRV -----------------------------------------K---A---- VEE ----------------------D------------------N-------- EEE ----------------------D------------------N-------- ******************:***:******************. .* **:* 350 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN TLFDMSAEDFDAIIAEHFKQGDPVLETDIASFDKSQDDAMALTGLMILED OCK -------------------------------------------------- AR8 -------------------------------------------------- GIR -------------------------------------------------- YN8 -------------------------------------------------- AUR ---------------AN-SYVH-------G--------SL---A------ SFV ---------------S--HP------------------SL---------- BFV -------------------H--H---------------S----A------ ONN ---------------T---P--A---------------SL-S-AM-L--- IGB ---------------T---P--A---------------SL---AM-L--- RRV ---------------A--QP--A---------------SL---A--L--- VEE ------------------QP--C------------E-------A------ EEE ------------------QF--A------------E---I-MSA------ *************** :* . ******.*****:**::* :.:*:*** 400 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN LGVDQPLLDLIECAFGEISSTHLPTGTRFKFGAMMKSGMFLTLFVNTVLN OCK -------------------------------------------------- AR8 -------------------------------------------------- GIR -------------------------------------------------- YN8 -------------------------------------------------- AUR ----DR-M----------T-V----A-T---------------------- SFV -----Y------A-------C-----------------------I----- BFV -----N-MN---A-----V----------------------------I-- ONN ------I-----A-------C--------------------------L-- IGB ------I-----A-------C--------------------------L-- RRV -----E------E-----T-V-----------------------I--L-- VEE ----AE--T---A-------I----K-K--------------------I- EEE -----A--N---A---N-T-V-----------------------I---V- **** :: *** ***:* * **** * ****************:**::* 450 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN VVIASRVLEERLKTSRCAAFIGDDNIIHGVVSDKEMAERCATWLNMEVKI OCK ---------------K---------------------------------- AR8 ---------------K---------------------------------- GIR ---------------K---------------------------------- YN8 ---------------K-----------------------------L---- AUR ---------Q--RD-K------------------I--D-----M------ SFV IT-------Q--TD-A----------V---I---L------S-V------ BFV ----C----DQ-AQ-PWP-----------II---L--D-----M------ ONN IT----------T--A-----------------AL--A-----M------ IGB IT----------T--A-----------------AL--A-----M------ RRV I---C---R-K-TN-I----------V---R--PL------S-V------ VEE I-------R---TG-P----------VK--K---L--D------------ EEE IM------R---T--P----------VK--T--AL--------------- : **.***.::* * .********::*: ** ** ***:*:*:**** 500 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN IDAVIGERPPYFCGGFILQDSVTSTACRVADPLKRLFKLGKPLPADDEQD OCK -------------------------------------------------- AR8 -------------------------------------------------- GIR -------------------------------------------------- YN8 -------------------------------------------------- AUR ------IKA---------E-Q--H-----S--------------V----- SFV ----M--K---------VF----Q-----S-------------T-E-K-- BFV L-SIV-I----------VC-D--G--------------------L--G-- ONN ----VS-KA---------H-T--G-S-----------------A-G---- IGB ----VS-KA---------H-T--G-S-----------------A-G---- RRV ---TMC-K----------Y-N--GS--------------------G-T-- VEE ----V--KA---------C----G-------------------A----H- EEE ----V-VKA--------VV-QI-G--------------------L--D-- :*: : :.********: * :* ::***:*************. * :* 550 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN EDRRRALLDETKAWFRVGITGTLAVAVTTRYEVDNITPVLLALRTFAQSK OCK --------------------D------A---------------------- AR8 --------------------D------A---------------------- GIR --------------------D------A---------------------- YN8 --------------------D------A---------------------- AUR H------E---R-------Q-E-LK--ES----QEVQ------A--SR-D SFV -------S--VSK---T-LGAE-E--L-S----EGCKSI-I-MT-L-RDI BFV -------H--V-T-S---LRHRVCE-IED--A-HSSEL-----T-LSKNL ONN -------A--VTR-Q-T-LVTE-EK--YS----QG--A-ITSMA---N-- IGB -------A--VTR-Q-T-LVTE-EK--YS----QG--A-ITSMA---S-- RRV -------K---DR-A---LKSE-EI-LSS----NGTGNIVR-MA-L-K-L VEE D------HE-STR-N----LSE-CK--ES---TVGTSIIVM-MT-L-S-V EEE V------H--AAR-N-I---EE-VK--ES----NYVSLIIT--T-L-S-V ****** :* * * *: : *: ** . :: :: *:: . 600 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN RAFQAIRGEIKHLYGGPK OCK ------------------ AR8 ------------------ GIR ------------------ YN8 ----------R------- AUR K--K-L--SPR------- SFV K--KKL--PVI------RLVR BFV KS-RN---KPI------- ONN EN-KKL--PVVT------ IGB EN-KKL--PVVT------ RRV KN-KKL--P-V------- VEE KS-SYL--APIT--- EEE SN-KH---HPIT--- * :** ***

Unrooted parsimony trees of nsP4 sequences (1855). (Phylip ProtPars 3.573c. Jumble 5x, seed = 9). Six trees are found.
+-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +-----------BFV ! ! ! +-12 +-----------------7 +--IGB ! ! ! +-----9 ! ! ! ! +--ONN ! ! +--8 ! ! ! +--RRV +--6 +----10 ! +--SFV ! ! +--------------AUR ! ! ! ! +--YN8 +--------------5 +-----4 ! ! +--AR8 ! +--2 ! ! ! +--GIR +--1 +-----3 ! +--OCK ! +-----------SIN	+-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +--IGB ! ! +-----9 +-12 ! +--ONN ! +--------------------8 ! ! ! +--RRV ! ! +----10 +--6 +--SFV ! ! +-----------------BFV ! ! +-----------7 +--------------AUR ! ! ! ! +--YN8 +--5 +-----4 ! ! +--AR8 ! +--2 ! ! ! +--GIR +--1 +-----3 ! +--OCK ! +-----------SIN
+-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +-----------BFV ! ! ! +-12 +-----------------7 +--IGB ! ! ! +-----9 ! ! ! ! +--ONN ! ! +--8 ! ! ! +--RRV +--6 +----10 ! +--SFV ! ! +--------------AUR ! ! ! ! +--------YN8 +--------------5 +--4 ! ! ! +-----AR8 ! ! +--2 +--1 ! +--GIR ! +--3 ! +--OCK ! +-----------SIN	+-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +--IGB ! ! +-----9 +-12 ! +--ONN ! +--------------------8 ! ! ! +--RRV ! ! +----10 +--6 +--SFV ! ! +-----------------BFV ! ! +-----------7 +--------------AUR ! ! ! ! +--------YN8 +--5 +--4 ! ! ! +-----AR8 ! ! +--2 +--1 ! +--GIR ! +--3 ! +--OCK ! +-----------SIN
+-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +-----------BFV ! ! ! +-12 +-----------------7 +--IGB ! ! ! +-----9 ! ! ! ! +--ONN ! ! +--8 ! ! ! +--RRV +--6 +----10 ! +--SFV ! ! +--------------AUR ! ! ! ! +--------AR8 +--------------5 +--2 ! ! ! +-----YN8 ! ! +--4 +--1 ! +--GIR ! +--3 ! +--OCK ! +-----------SIN	+-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +--IGB ! ! +-----9 +-12 ! +--ONN ! +--------------------8 ! ! ! +--RRV ! ! +----10 +--6 +--SFV ! ! +-----------------BFV ! ! +-----------7 +--------------AUR ! ! ! ! +--------AR8 +--5 +--2 ! ! ! +-----YN8 ! ! +--4 +--1 ! +--GIR ! +--3 ! +--OCK ! +-----------SIN