nsP1 sequence of alphaviruses

0 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN MEKPVVNVDVDPQSPFVVQLQKSFPQFEVVAQQVTPNDHANARAFSHLAS OCK ---------------------------------A---------------- AR8 -------------------------------------------------- GIR -------------------------------------------------- YN8 -------------------------------------------------- AUR ----T-H----------L----------I--------------------- SFV -AAK -H--IEAD---IKS---A--S---ESL-----------------T BFV -A----KI--E-E-H-AK-V-SC-----IE-V-T------H--------T ONN -DS -Y--I-AD-A-LKA--QAY-M---EPK-----------------I IGB -DS -Y--I-AD-A-LKA--RAY-M---EPK-----------------I RRV -K -T---EAD---LKA---A--A---ES------------------T VEE --- -H--IEED---LRA--RT------E-K---D-------------- EEE --- -H--L-AD----KS--RC--H--IE-T---D-------------T 50 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN KLIELEVPTTATILDIGSAPARRMFSEHQYHCVCPMRSPEDPDRMMKYAS OCK -------------------------------------------------- AR8 -------------------------------------------------- GIR -------------------------------------------------- YN8 -------------------------------------------------- AUR ----H-I--SV-------------Y---K---------------L-N--- SFV ----Q-TDKDTL--------S---M-T-K---------A---E-LDS--K BFV ----M-TAKDQI-----------LY---K-------KCT---E--LG--R ONN ----Q-IDPDS-------------M-DRK---------A---E-LAN--R IGB ----Q-IDPGS---G---------M-DRK---------A---E-LAN--R RRV ----Q---ANI----V-------LM-D-S---I---K-A---E-LAN--R VEE ----T--DPSD-------------Y-K-K---I----CA-----LY---T EEE ----G--D-DQV--------V-HTH-K-K---I---K-A-----LYR--D 100 10 20 30 40 50 : | : | : | : | : | SIN KLAEKACKITNKNLHEKIKDLRTVLDTPDAETPSLCFHNDVTCNMRAEYS OCK --------------------------------------------T----- AR8 --------------------------------------------T----- GIR --------------------------------------------T----- YN8 --------------------------------------------T----- AUR R--D--GE----R--D-LA--KS--ES-----GTI------I-RTT--V- SFV ---AASG-VLDREIAG--T--Q--MA-----S-TF-L-T----RTA--VA BFV --IAGSA -GKA--LR---D--A---I--Q---L-T-AS-RY-GDVA ONN ---SA-G-V-D--ISG--N--QA-MAV-NM--STF-L-T-A--KQ-GDVA IGB ---SA-G-V-D--ISG--N--QA-MAV-NM--STF-L-T-A--KQ-GDVA RRV ---KT-GEVLD--VSG--T--QD-MA---L-S-TF-L-T-E--RT---VA VEE --KKNCKE--D-E-DK-M-E-AA-MSD--L--ETM-L-D-ES-RYEGQVA EEE --RKS DV-D-CIAS-AA--L--MS----------M-T-S--RYHGSVA 150 10 20 30 40 : | : | : | : | : SIN VMQDVY INAPGTIYHQAMKGVRTLYWIGFDTTQFMFSAMAGSYPAYNTN OCK ------ ------------------------------------------- AR8 ------ ------------------------------------------- GIR ------ ------------------------------------------- YN8 ------ ------------------------------------------- AUR ---N-- ----S------L----K--------------S------S---- SFV -Y----AVH--TSL----------A--------P---D-L--A--T-A-- BFV -Y----A-D--T-L----L-----A--------P--YD-L--A--L-S-- ONN IY----AVH--TSL----I----VA--------P--YN----A--S-S-- IGB IY----AVH--TSL----I---HVA--------P--YN----A--S-S-- RRV -Y---XX H--TSL----------V--------P---EVV--A--T-S-- VEE -Y----AVDG-TSL----N----VA--------P---KNL--A--S-S-- EEE -Y----AVH--TS--Y--L-----I--------P--YKN---A--T---- 200 10 20 30 40 | : | : | : | : | : SIN WADEKVLEARNIGLCSTKLSEGRTGKLSIMRKKELKPGSRVYFSVGSTLY OCK -------------------------------------------------- AR8 -------------------------------------------------- GIR -------------------------------------------------- YN8 ----------------------------------F--------------- AUR ----R--------------R--TM----TF---A----TN---------- SFV ----Q--Q-------AAS-T---L-----L---Q---CDT-M-------- BFV ----Q---S-------D-V---GKKGR--L---F--QSD--M-------- ONN ----Q--K-K-------D-----R-------G-K---CD--L-------- IGB ----Q--K-K-------D-----R-------G-KF--CD--L-------- RRV ----Q--Q-------A-S----HR--I------R-R-SD-XM----X--- VEE ----T--T--------SDVM-RSRRGM--L---Y---SNN-L------I- EEE ----S---------G-SD-H-KSF--V------K-Q-TNK-I------I- 250 10 20 30 40 | : | : | : | : | : SIN PEHRASLQSWHLPSVFHLNGKQSYTCRCDTVVSCEGYVVKKITISPGITG OCK ------------------K------------------------------- AR8 ------------------K------------------------------- GIR ------------------K------------------------------- YN8 ------------------K----------------------------V-- AUR --N--D------------K----F------A-N----------------- SFV T-S-KL-R----------K----F------I------------MC--LY- BFV T-S-KL--------T---K--S-F------I-------L----MC--V-- ONN --S-KL------------K--L-F------I---------RV-M----Y- IGB --S-KL------------K--L-F------I---------RV-M----Y- RRV I-S-RL-K----------K--N-F------I------------M---TY- VEE H-K-DL-R----------R---N-----E-I---D-----R-A----LY- EEE T-E-IL-R-----N----K--T-F-G--N-I------------L----Y- 300 10 20 30 40 | : | : | : | : | : SIN ETVGYAVTHNSEGFLLCKVTDTVKGERVSFPVCTYIPATICDQMTGIMAT OCK --------N----------------------------------------- AR8 --------N----------------------------------------- GIR --------N----------------------------------------- YN8 --------Y----------------------------------------- AUR RVNR-T--N---------I------------------PS--------L-- SFV K-------YHA----V--T----------------V-S---------L-- BFV KPI------HK---VVG-----IR------A----V-T-L-------L-- ONN K-S------HAG---M--T----D------S----V-----------L-- IGB K-S------HAD---M--T----D------S----V-----------L-- RRV K--------HA----M-------R-----------V-----------L-- VEE KPS---A-MHR----C------LN-----------V---L-------L-- EEE KVDNL-S-MHR----S------LR-----------V---L-------L-- 350 10 20 30 40 | : | : | : | : | : SIN DISPDDAQKLLVGLNQRIVINGRTNRNTNTMQNYLLPIIAQGFSKWAKER OCK ----------------------K--------------T------------ AR8 ----------------------K--------------------------- GIR ----------------------K--------------------------- YN8 ----------------------K--------------------------- AUR --Q-E--------------V--K--------------AV-T-L------- SFV -VT-E--------------V----Q------K------V-VA-----R-Y BFV EVTA---------------V----Q------K-----LV--ALA-----A ONN EVT-E--------------V----Q------K------V--A-------C IGB EVT-E--------------V----Q------K------V--A-------C RRV -VT-E--------------V----Q------K-----VV--A-----R-A VEE -V-A---------------V----Q------K-----VV--A-AR----Y EEE -V-V---------------V----Q------------VV--A--RC R-Y 400 10 20 30 40 | : | : | : | : | : SIN KDDLDNEKMLGTRERKLTYGCLWAFRTKKVHSFYRPPGTQTCVKVPASFS C420 palmitoylated OCK -E---------------------------------------S-------- AR8 -E---------------------------------------I-------- GIR -E---------------------------------------I-------- YN8 -A---------------------------------------S-------- AUR -A-CSD--P-NV-----AF------K---I-----------I---A-E-- SFV -A---D--P--V---S--CC-----K-R-M-TM-KK-D---I----SE-N C418-420 palmitoylated BFV -Q-MED-RP-NE-Q-T--CL-C---KRN-R-AI-KR-D--SI----CE-T ONN RK-MED--L--V---T--CC------KH-T-TV-KR-D--SIQ----E-D IGB RK-MED--L--V---T--CC------KH-T-TV-KR-D--SIQ----E-D RRV -A-MED--P------T--CC-----KNH-T-TM-KR-D---I----ST-D VEE -E-QED-RP--L-D-Q-VM--C----RH-IT-I-KR-D---II--NSD-H EEE RA--ED--G--V---S-VM--C---K-H-IT-I-KR-----IK----V-N 450 10 20 30 40 | : | : | : | : | : SIN AFPMSSVWTTSLPMSLRQKLKLALQ PKKEEKLLQVSEEL VMEAKAAFE OCK -------------------M----- ----------P--- --------- AR8 -------------------M----- ----------P--- --------- GIR -------------------I----- ----------P--- --------- YN8 -------------------V----- ----------P--- --------- AUR -------------------V--L- V--TN-PVVTITDTA-KN-QE-YN SFV S-VIP-L-S-G-AIPV-SRI-ML- A--TKRE- IPV-DASS-RD-EQ BFV S--LV-L-SAGMSI-------MM-- ARQPTQIAA-T--- IQ--A-VEQ ONN S-VIP-L-SSG-SIP--TRI-WL- S-AP-YE-LPHSGNAE--AQ-ET IGB S-VIP-L-SSG-SIP--TRI-WL- S-AP-HE-LPHSGNAE--AQ-ET RRV S-VIP-L-SS--SIGI--RI--L- G-- LSRDLPYSGDRN--RE-EK VEE S-VLPRIGSNT-EIG--TRIRKM-EEH-E PSP-ITA-D -Q---C-AD EEE S-VIPQPTSYGPDIG--RRI- M-FDA--APAPIITEAD -AHL-GLQD 500 500 10 20 30 40 | : | : | : | : | SIN DAQEEARAEKL REALPPLVADKGIEAAAEVVCEVEGLQADIGA OCK ----------- -----------D-------------------- AR8 -----S----- -----------------------------T-- GIR -----S----- -------------------------------- YN8 -----S----- -------------------------------- AUR E-V-T-E--E KAK-----KPTAPPV-ED -K---TD-VD-A-- SFV EEK-RLE-- -T--------PIAPA-TGV -DVD--E-EYHA-- BFV E-VDT-N-- -DHA-W-SI-DTTERH -EV---E-DQRA-E ONN --V--QE-- -T---M---Q-TQDDIQ -EID--Q-EDRA-- IGB --V--RE-- -T---M---Q-TQDDVQ -EID--Q-EDRA-- RRV E-E-TKE-- -T--------GSNCADDV DQVD--E-TYRA-- VEE ERK-VRE--E- -A-----A--VEEPT LEAD-DLMLQEA-- EEE E-EAV-E--AV -A-----LPEVDK-T -EADIDLIMQEA--

Unrooted parsimony trees of nsP1 sequences (1855). (Phylip ProtPars 3.573c. Jumble 5x, seed = 9). The 4 trees (all require 1105) are identical except for the clade containing SIN, OCK, AR8, GIR and YN8.

+-----------------------------------VEE - ! | ! +--------------------------------EEE | -11 ! | ! ! +--IGB | ! ! +-----9 | +-12 ! +--ONN | Same in ! +--------------------8 | all 4 ! ! ! +--RRV | trees ! ! +----10 | +--6 +--SFV | ! | ! +-----------------BFV | ! ! | +-----------7 +--------------AUR - ! ! +--5 +-----------OCK ! ! +--1 +-----YN8 ! +--4 ! ! ! +--GIR +--2 +--3 ! +--AR8 ! +--------SIN +-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +--IGB ! ! +-----9 +-12 ! +--ONN ! +--------------------8 ! ! ! +--RRV ! ! +----10 +--6 +--SFV ! ! +-----------------BFV ! ! +-----------7 +--------------AUR ! ! ! ! +-----YN8 +--5 +--4 ! ! ! +--GIR ! +--2 +--3 ! ! ! +--AR8 +--1 ! ! +--------OCK ! +-----------SIN

+-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +--IGB ! ! +-----9 +-12 ! +--ONN ! +--------------------8 ! ! ! +--RRV ! ! +----10 +--6 +--SFV ! ! +-----------------BFV +-----------7 ! +--------------AUR +--5 ! +-----------AR8 +--2 ! +--------GIR +--3 ! +-----YN8 +--4 ! +--OCK +--1 +--SIN +-----------------------------------VEE ! ! +--------------------------------EEE -11 ! ! ! +--IGB ! ! +-----9 +-12 ! +--ONN ! +--------------------8 ! ! ! +--RRV ! ! +----10 +--6 +--SFV ! ! +-----------------BFV +-----------7 ! +--------------AUR +--5 ! +-----------GIR +--3 ! +--------AR8 +--2 ! +-----YN8 +--4 ! +--OCK +--1 +--SIN